日本2018-2020年豬瘟病毒流行期間的基因組變異

2021-09-27 1736人閱讀來源：

雖然RNA病毒具有廣泛的序列多樣性，但為確保維持病毒生命周期的蛋白質功能，突變率必須是有限的。本文比較了2018-2020年分離自日本的150株豬瘟病毒(CSFV)的全基因組序列。為評估CSFV基因組的多樣性，消除對病毒傳播產(chǎn)生負面影響的突變，以共享單核苷酸變異(SNVs)和共享單氨基酸變異(SAVs)作為評估對象。

12個蛋白質編碼區(qū)的比較表明，多功能非結構蛋白NS3中SNVs和SAVs的百分比最低，在另一種非結構蛋白NS4A中未檢測到SAVs。這表明負選擇抑制了病毒傳播過程中NS3和NS4A蛋白序列的變化。相比之下，僅在編碼分泌蛋白Erns和非結構蛋白NS2的基因中檢測到共享SNV之間的非同義替換，這表明流行期間存在正選擇。將共享SAV映射到Erns 的三維結構顯示共享SAV不存在于底物結合位點中，而是定位于蛋白質的外圍區(qū)域。